El 12 de Abril del año de 2002, el entonces Gobernador del Estado, Lic. D. Armando López Nogales, firmó un decreto en virtud del cual creaba una Institución de Educación Superior en el corazón de la región serrana de nuestro estado: Empezaban a cristalizar los sueños de muchos moradores de la región, de contar con una institución de este nivel educativo. Esta nueva institución llevaría el nombre de Universidad de la Sierra y estaría enclavada en el Municipio de Moctezuma. El día 2 de septiembre, los antes áridos e inhóspitos llanos del norte de la cabecera municipal, se vieron pululados por cientos de jóvenes, que, esperanzadores acudían al primer día clases: La Sierra de Sonora estaba estrenando su nueva Universidad.
El día 2 de Septiembre del mismo año, 167 jóvenes recién inscritos escuchaban las palabras con que el Sr. Rector de la Universidad, Dr. Samuel Ocaña García, pronunciaba el discurso inaugural de las actividades académicas de esta nueva Casa de Estudios, que iniciaban en alguno de los tres programas educativos que la constituyeron: Ingeniería Industrial en Productividad y Calidad, Licenciatura en Biología y Licenciatura en Administración y Evaluación de Proyectos.
Para el mes de noviembre, se tuvo la visita del C. Presidente Constitucional de los Estados Unidos Mexicanos, Lic. Vicente Fox Quesada, quién inauguraba formalmente los trabajos de esta Máxima Casa de Estudios, quien a su vez entregaba el edificio que entonces constituía a la Universidad al pueblo de la Sierra Sonorense y a los jóvenes estudiosos. En esta grandiosa ocasión, el Presidente de la República estuvo acompañado del Dr. Reyes Tamez Guerra, Secretario de Educación Pública; el C. Gobernador, Lic. Armando López Nogales y el Dr., Víctor Galindo Sánchez, Secretario de Educación y Cultura del Estado.
A mediados del año 2003, la Universidad de la Sierra extiende el abanico de oportunidades para los jóvenes serranos, abriendo otros dos nuevos programas educativos: Licenciado en Administración de Turismo Rural y Licenciado en Biología en Producción Acuícola. En agosto de 2004, toma posesión como segundo Rector, el Prof. y Lic. Jesús Torres Gallegos.
A inicios del año 2007, se gradúa la primera generación de egresados de los tres programas educativos que ofrecía entonces la Universidad, siendo estos un total de 98 nuevos profesionales, quienes se han venido desarrollando, con un buen desempeño, en las diversas empresas e instituciones de la región y el estado.
Desde agosto del 2007, se ofrece una opción educativa más: Ingeniería en Telemática y Sistemas, que a la fecha está en su octavo semestre. La población total de la Universidad de la Sierra ha crecido de 167 alumnos, que fue la matrícula inicial, a 643 estudiantes, mismos que provienen de 25 municipios de la zona serrana de Sonora.